Introducción: la influencia del ejercicio físico en sujetos entrenados tiene efectos beneficiosos en la condición física y la composición corporal. Sin embargo, el desentrenamiento tiene un efecto desfavorable en todas ellas. Objetivo: el propósito del estudio fue analizar los cambios de la composición corporal después de un periodo de desentrenamiento de seis semanas de duración en dos grupos: uno de 43 jóvenes varones jugadores de fútbol (grupo experimental [GE], n = 43), y un grupo control de escolares no activos de la misma edad (grupo control [GC], n = 10). Métodos: las variables de composición corporal fueron evaluadas mediante antropometría, para estimar la masa grasa (MG) y la masa muscular esquelética (MME), y mediciones de bioimpedancia eléctrica, para estimar agua corporal total (ACT), agua extra (AEC) e intracelular (AIC). Las mediciones se realizaron tanto en situación de entrenamiento como de desentrenamiento. Resultados: tras el desentrenamiento, se encontraron diferencias significativas en el ACT (35,5 ± 5,2 vs.36,7 ± 4,9 kg), el AIC (14,2 ± 1,8 vs. 14,8 ± 1,6 kg) y el AEC (21,5 ± 3,6 vs.22,0 ± 3,4 kg, p < 0,001 para todas las variables), sin existir diferencias en los ratios AEC/ACT (0,4 ± 0,02 vs.0,4 ± 0,02) y AIC/ACT (0,6 ± 0,02 vs.0,597 ± 0,02, ambos p > 0,05). La MG aumentó significativamente (8,6 ± 3,2 vs.8.95 ± 3,1 kg, p < 0,01); sin embargo, la MME no sufrió modificaciones (21,2 ± 2,5 vs.22,22 ± 2,8 kg, p > 0,05). Conclusiones: el principal resultado de este estudio fue que en un periodo de desentrenamiento de seis semanas se observaron aumentos del ACT y de su distribución en el grupo de jóvenes futbolistas. La importancia fisiológica de esta desadaptación en el rendimiento deportivo tiene que ser analizada en futuros estudios.