En este trabajo de investigación se ha pretendido analizar la existencia de diferencias en la percepción de la materia de Biología y Geología entre los estudiantes de 3º de ESO y 1º y 2º de Bachillerato en un centro concertado vasco, para posteriormente diseñar, a partir de los factores o indicadores que marcan esas potenciales diferencias, pautas de mejora de la percepción en caso de ser necesario. Estas diferencias se analizaron a partir de una encuesta diseñada con preguntas o ítems de carácter cuantitativo y otras de carácter cualitativo. La encuesta, de carácter voluntario, constaba de preguntas relativas a ámbitos en los que podrían obtenerse diferentes respuestas basadas en la diferencia de cursos o etapas educativas. Así, se analizaron factores pertenecientes a la metodología utilizada durante la clase y los recursos en la misma, el ambiente en clase, las emociones que sentían durante la clase, la relación entre los estudiantes y el profesor, el gusto por la ciencia, la relación de los estudiantes con la materia de Biología y Geología en sí misma y los condicionantes sociales como son la familia o los amigos. Tras analizar las respuestas de los estudiantes, se observó que 24 indicadores mostraban diferencias significativas entre los cursos encuestados. De manera general, los estudiantes de 1º de Bachillerato, mostraron una mejor percepción de la asignatura que los estudiantes de 2º de bachillerato. Finalmente, los estudiantes de 3º de ESO fueron los que, comparativamente, peor percepción de la materia mostraron. La posible mejora de los citados 24 indicadores mediante pautas descritas en la discusión, podrían dar lugar a una mejora en la percepción de la materia de Biología y Geología.