Las competencias clave se han convertido en el eje transversal de nuestro sistema educativo.Terminada la Educación Secundaria Obligatoria, el estudiantado debe haber adquirido un nivel promedio en cada una de ellas. El propósito del estudio es conocer la autoeficacia académica del alumnado extremeño con respecto a la adquisición de competencias al finalizar la enseñanza obligatoria observando las diferencias que existen en función del género —mujer, hombre y no binario—. Para ello, se presenta una investigación cuantitativa, no experimental, descriptiva-inferencial cuya muestra es de 1106 estudiantes de 4º de ESO de centros públicos y concertados de Extremadura (N = 11,10 %) a los que se les aplicó el cuestionario KEYCOMSE, diseñado ad hoc para cumplir los objetivos de investigación. Los resultados indican que existen diferencias significativas, siendo las chicas quienes poseen una autoeficacia académica mayor en la competencia lingüística, competencia plurilingüe, competencia digital, competencia social, personal y de aprender a aprender y competencia en conciencia y expresión cultural. Por otro lado, el grupo no binario presenta niveles de autoeficacia académica bajos en relación con el desarrollo de competencias clave en su conjunto, a excepción de la competencia plurilingüe. Finalmente, resulta de especial relevancia señalar que obtener la visión del estudiantado sobre su autoeficacia académica, observando las diferencias por género, puede contribuir a encontrar las estrategias de enseñanza-aprendizaje más adecuadas para formar desde la equidad mejorando la calidad educativa.