La propiedad intelectual e industrial tienen como objetivo el incentivo de la innovación y la investigación en las distintas áreas industriales, científicas y artísticas, protegiendo a los titulares de creaciones e invenciones frente a terceros. En este contexto, la protección jurídica de los programas de ordenador ha constituido tradicionalmente una de las mayores polémicas dentro de la doctrina jurídica, que no se ponía de acuerdo en cuál sería el mejor mecanismo para poder llevar a cabo dicha protección, optándose generalmente por el sistema de los derechos de autor a nivel mundial. No obstante, existen otros mecanismos de protección que han sido planteados y que a día de hoy pueden ser utilizados para proteger el software en sus múltiples facetas, siendo el principal y más controvertido el sistema de patentes, y es por este motivo que resulta relevante estudiar el ordenamiento jurídico vigente y los límites que éste impone a dicha protección, así como las distintas corrientes de pensamiento existentes en la doctrina y jurisprudencia en España, Europa y Estados Unidos, para poder conocer las vías de protección existentes actualmente y analizar la eficacia de la patentabilidad del software, así como reflejar los múltiples retos jurídicos que plantea la protección de estas creaciones.