La situación mundial provocada por el COVID-19 derivó en la urgente toma de medidas excepcionales para tratar de erradicar y mitigar los posibles efectos, tanto económicos como sociales, derivados de la misma. Las medidas adoptadas por una mayoría de gobiernos del mundo dieron lugar a la limitación de derechos fundamentales, tales como la libertad de circulación de las personas. En este sentido, se ha podido ver vulnerado el derecho fundamental de los ciudadanos europeos a la protección de su información personal como consecuencia de las medidas excepcionales para afrontar la pandemia, así como otros derechos y libertades. En consecuencia, el presente trabajo se desarrolla con la finalidad de analizar distintos escenarios en los que el derecho fundamental a la protección de datos puede verse afectado como consecuencia de una pandemia, algo que permitirá abordar situaciones similares en el futuro con mayores garantías jurídicas.