En este trabajo se hace un estudio profundo de las herramientas web 2.0 aplicadas a la enseñanza aprendizaje de las Ciencias Naturales. Se diseña una metodología para incorporar esas herramientas de forma trasversal en una unidad didáctica de Ciencias. Dicha metodología ha sido validada mediante un cuestionario de evaluación a expertos profesores. El diseño metodológico se ha puesto en marcha en el aula mediante la implantación de la unidad didáctica La Hidrosfera. Se ha impartido dicha unidad didáctica en dos clases, utilizando una tercera aula como grupo de control. Por los resultados obtenidos se ha determinado que el uso de las herramientas 2.0 en el aula a través de unas actividades concretas mejora el proceso de aprendizaje de las Ciencias Naturales, ya que convierte al alumno en protagonista de su aprendizaje y dota al profesor de recursos más potentes para la planificación, puesta en marcha y evaluación