Los datos estadísticos y algunos estudios nos plantean la relevancia del problema del fracaso escolar en España, los porcentajes de abandono temprano son preocupantes. Este fracaso escolar se relaciona con la no adquisición de un aprendizaje significativo debido a las dificultades en el aprendizaje, a las relaciones con sus compañeros, a la escasa comprensión lectora, etc.: estos generan percepciones erróneas y emociones negativas que influyen en el rendimiento escolar. Por ello, es importante evaluar la relación entre los diferentes aspectos que nos permitan fomentar el aprendizaje de habilidades sociales de forma preventiva. En esta investigación hemos utilizado un modelo relacional entre la percepción y el rendimiento en la asignatura ciencias de la naturaleza y las habilidades sociales de toma de conciencia y control emocional, conversacionales, la cooperación y ayuda mediante el trabajo, las relacionadas con la defensa de los propios derechos, las socio - emocionales y de vida y bienestar subjetivo como mejora de la calidad de vida. La muestra de la investigación es de 445 estudiantes de los cursos de tercero a sexto de Primaria de varios centros educativos. Los resultados obtenidos nos muestran que existe significatividad entre la percepción y las habilidades socio - emocionales con respecto al rendimiento y, por lo tanto, se comprueba el impulso motivacional en el rendimiento si mejoramos la percepción mediante dichas habilidades socio – emocionales y el desarrollo en el aula de programas y metodologías activas, como aprendizaje cooperativo y mindfulness, que mejoren el aprendizaje y reduzcan los conflictos en el aula.