En esta investigación se proponen unos mecanismos necesarios para desarrollar un Modelo de Alineación de la Gobernanza (GAM) y realizar una aplicación de este modelo en las universidades colombianas, tomando en consideración los retos permanentes en la gestión de proyectos de Tecnologías de Información (TI) encargados de cumplir los objetivos estratégicos y operacionales de las organizaciones, enfrentadas a complejos modelos de negocio, cambios tecnológicos, entorno político dinámico, frecuentes cambios normativos, comportamiento de los interesados y la globalización de la economía. La investigación es de tipo aplicado, fundamentada en la información proporcionada por los directores de TI de 64 universidades de Colombia y un análisis estadístico de los factores de gobernanza corporativa, gobernanza de TI, gobernanza del proyecto, complejidad del proyecto y rendimiento del proyecto, utilizando el programa estadístico R. Para cada uno de estos factores se calcula el peso relativo de sus variables asociadas utilizando el análisis de componentes principales, generando un indicador que se representa mediante una ecuación matemática. El conjunto de ecuaciones de cada factor constituye el soporte matemático del GAM. Finalmente, se documentan los resultados, se elaboran las conclusiones y se proponen nuevas líneas de investigación