El objetivo principal de este estudio fue conocer la relación entre los niveles de actividad física, motricidad, inteligencia emocional y rendimiento académico en 5º y 6º de Educación Primaria. La muestra se compuso de 38 estudiantes (22 chicos y 16 chicas). Las pruebas e instrumentos aplicados para la evaluación de las distintas variables fueron el Assessment of Physical Activity Levels Questionnaire (APALQ) para evaluar los niveles de actividad física, el Test de coordinación motriz J3S, el TMMS-24 para evaluar la inteligencia emocional y el rendimiento académico con la nota media de las calificaciones escolares. Los resultados muestran una correlación significativa entre las habilidades motrices y los niveles de actividad física pero no se encontró relación entre el resto de variables. Sin embargo, si se introduce la variable género en los análisis, se encuentra que, en los chicos, las habilidades motrices sí correlacionan, además de con la actividad física, con la inteligencia emocional y estas dos últimas entre ellas. En las chicas, por su parte, existe correlación entre uno de los ítems relacionados con la inteligencia emocional y el rendimiento académico y entre las habilidades motrices y el nivel de actividad física. En el futuro, son necesarios más estudios para determinar con mayor precisión la relación entre las diferentes variables en alumnos de Educación Primaria.