El presente estudio pretende analizar si a medida que aumenta el grado de inteligencias múltiples, concretamente las inteligencias matemática, lingüística y naturalista, mejora el rendimiento académico en las materias de matemática, lengua castellana y literatura y ciencias de la naturaleza, para determinar la influencia de dichas inteligencias en los procesos de enseñanza-aprendizaje. Se toma una muestra de 53 alumnos de 2º de Educación Secundaria Obligatoria de un centro público de Extremadura. Para ello, se cuenta con las calificaciones de los alumnos de la segunda evaluación en las tres materias mencionadas y con la aplicación de un Cuestionario de Detección de Inteligencias Múltiples (McKenzie, 1999) que fue aplicado colectivamente en el aula. Los resultados obtenidos indicaron que existen relaciones positivas y estadísticamente significativas entre inteligencia matemática y rendimiento académico en matemáticas y entre inteligencia lingüística y rendimiento académico en lengua castellana y literatura. No se hallaron correlaciones estadísticamente significativas entre inteligencia naturalista. Finalmente, como medida correctora, se propone un programa de intervención que atiende a los puntos fuertes y débiles, desde las ciencias de la naturaleza para trabajar las inteligencias múltiples y mejorar el rendimiento académico en ciencias de la naturaleza.