El proceso de aprendizaje de un alumno puede verse afectado negativamente cuando su control de la comprensión lectora no es adecuado. Esta investigación se centra en cómo una muestra de alumnos de Educación Secundaria Obligatoria (ESO) y Bachillerato evalúan su comprensión lectora con textos científicos manipulados. El instrumento fue diseñado ad hoc para establecer qué nivel de control de la comprensión alcanzan los alumnos cuando leen textos cortos del área de ciencias con una contradicción añadida. Los resultados indican que en los cursos de 1º y 3º de ESO, predomina una evaluación y/o regulación inadecuada, en cambio en 1º de Bachillerato la evaluación y regulación adecuada es más frecuente. Por otra parte, no se han encontrado diferencias significativas por el tipo de texto, en relación al curso o género. Finalmente, las correlaciones entre el control de la comprensión y las calificaciones escolares indican una asociación débil e inversamente proporcional a la edad de los educandos, resultados que concuerdan con los estudios previos.