En los últimos años, ha cobrado relevancia el impacto del entorno escolar sobre el rendimiento académico. Sin embargo, no existen estudios específicos sobre el impacto de las variables relacionadas con el entorno escolar sobre el rendimiento del alumnado de educación secundaria en las áreas de PISA: ciencias, lectura y matemáticas. Este artículo pretende analizar la influencia de un conjunto de predictores relacionados con el entorno escolar (el clima, el bienestar y el bullying) sobre el rendimiento del alumnado en las tres áreas de PISA. La muestra está formada por 28 781 estudiantes españoles (14 459 estudiantes de género masculino, 50.24 %; 14 322 estudiantes de género femenino, 49.76 %) procedentes de 935 centros educativos, quienes han participado en PISA 2022. Se ha utilizado un modelo jerárquico lineal de dos niveles: estudiantes y centros. Los resultados muestran que el alumnado de género masculino obtiene más puntos que el alumnado de género femenino en matemáticas y ciencias, mientras que el alumnado de género femenino destaca en lectura. El alumnado de género masculino tiene una opinión más favorable hacia el bienestar escolar que el alumnado de género femenino. El entorno económico del alumnado es un fuerte predictor del rendimiento en las tres áreas de PISA. El clima de aula, el bienestar escolar y el bullying tienen más impacto en el rendimiento en matemáticas y ciencias que en lectura. Los estudiantes de centros privados obtienen mejor rendimiento que los de centros públicos. Los resultados de los modelos definitivos explican más del 21 % de las diferencias de rendimiento en las tres áreas entre los estudiantes y más del 50 % entre centros educativos. Estos resultados sugieren la necesidad de crear un entorno que promueva el aprendizaje de los estudiantes, de reforzar el sentido de pertenencia del alumnado al centro y de implementar medidas en los centros educativos contra el acoso escolar.