El objeto de este trabajo es identificar los elementos básicos para la gestión y para la organización administrativa en Centros de Investigación Mixtos de iniciativa pública. Estos centros están integrados por un mínimo de dos organismos públicos que, manteniendo su propia identidad y personalidad jurídica, desarrollan una nueva entidad de carácter instrumental, con identidad propia y carente de personalidad jurídica. La gestión de la administración de esta nueva entidad está condicionada por la singularidad de su naturaleza jurídica y organizativa. Para ello, estudiaremos cuestiones relativas a su forma jurídica y a su organización, en general, así como al funcionamiento y gestión administrativa en particular. Además, presentamos un análisis del marco normativo existente en España sobre estas instituciones administrativas mixtas. Además, este trabajo desarrolla una investigación empírica en un Centro de Investigación Mixto en el que dos organismos públicos deben desarrollar, conjuntamente, la gestión de la entidad mixta, desde su constitución y desde su identidad de origen hasta su desarrollo diario. Así, vamos a analizar la gestión y la organización administrativa en un caso real, el Centro Física de Materiales (en adelante CFM), que es un Centro de Investigación Mixto cogestionado por el Centro Superior de Investigaciones Científicas (en adelante CSIC) y la Universidad del País Vasco Euskal Herriko Unibertsitatea (UPV/EHU en adelante), para concluir con una propuesta de mejora extrapolable a centros de similar naturaleza.