Este estudio analiza la microbiota y el resistoma en muestras fecales de individuos diagnosticados con sobrecrecimiento bacteriano del intestino delgado (SIBO), mediante el análisis de datos de metagenómica de amplicón y shotgun. A partir de datos públicos del American Gut Project, se seleccionaron y emparejaron individuos con y sin SIBO para comparar la diversidad microbiana y la presencia de genes de resistencia a antibióticos (ARGs). El análisis bioinformático reveló que, aunque no se observaron diferencias significativas en los índices de diversidad alfa global, sí se identificaron alteraciones en la equidad (índice de evenness) y en la diversidad beta, lo que sugiere diferencias estructurales en las comunidades microbianas entre ambos grupos. A nivel taxonómico, se detectó una mayor abundancia de la familia Enterobacteriaceae y del filo Pseudomonadota en individuos con SIBO. En cuanto al resistoma, no se encontraron diferencias estadísticamente significativas en la abundancia relativa global de ARGs entre grupos, salvo en el gen ant(6)-Ia, cuya abundancia fue significativamente menor en individuos con SIBO. Estos hallazgos aportan evidencia de una disbiosis intestinal asociada al SIBO y subrayan la utilidad de los enfoques metagenómicos para su caracterización.