En este documento se explora la naturaleza de la comorbilidad de la dislexia del desarrollo (DD) y discalculia (DC) y los déficits cognitivos compartidos y diferenciadores de ambos trastornos. El objetivo es contribuir a que las valoraciones psicopedagógicas escolares se ajusten a la realidad compleja y comórbida de los trastornos del desarrollo que dan lugar a las dificultades específicas de aprendizaje (DEA). Para ello, se realiza una revisión sistemática según las normas PRISMA de trabajos empíricos, en las bases de datos PubMed, Web of Science (WOS) y Scopus en el periodo 2009-2020, de artículos que incluyen muestras mixtas para la comparación de déficits cognitivos comunes y diferenciadores de cada trastorno. Se identifican los déficits diferenciadores y los que se solapan en el grupo comórbido con carácter aditivo o interactivo. Los resultados se discuten en términos de sus implicaciones para el diagnóstico escolar y la práctica educativa destacando la necesidad de valoración de todas las modalidades de la memoria de trabajo y de la velocidad de procesamiento y recuperación y la elaboración de informes orientadores para los docentes de carácter específico sobre el rendimiento de DD y DC en las distintas áreas del currículo.