El objetivo de este trabajo es comprobar cómo influye una mala funcionalidad neurológica en el rendimiento académico de los alumnos de Educación Secundaria Obligatoria. En cuanto al método, se ha empleado un diseño no experimental y correlacional con una muestra compuesta por 71 alumnos/as de 1º de E.S.O. De manera más concreta este trabajo tiene un doble objetivo, por un lado, la relación entre los problemas de lateralidad y su incidencia en las matemáticas; por otro lado, queremos demostrar la relación existente entre los movimientos sacádicos y la comprensión lectora. Los resultados demuestran que existe relación entre las variables. Los alumnos con unos movimientos sacádicos adecuados obtienen mejores resultados en la prueba de comprensión lectora. Del mismo modo los alumnos que tienen una lateralidad homogénea, muestran menos dificultades en matemáticas. Tras obtener estos resultados, se propone realizar un programa de intervención global para mejorar la funcionalidad neurológica y reducir las dificultades de aprendizaje.