La reciente evolución de la normativa en la protección de datos de carácter personal ha afectado a todas aquellas áreas que trabajan con este tipo de información, incluida la investigación universitaria española. En este trabajo, se plantea un análisis de dicha evolución normativa y los puntos clave que afectan a todos aquellos proyectos de investigación que incluyen datos personales. Derivada de este proceso, se propone una metodología que ayude a los investigadores a incorporar a la gestión administrativa de sus proyectos todas las posibles obligaciones en materia de protección de datos. Además, ayudará a que las distintas universidades responsables dispongan de toda la información necesaria sobre estos tratamientos. El resultado es un modelo teórico verificado y considerado como útil por un conjunto de investigadores consultado.